In der Aquarienhalle am Standort Berlin befinden sich neun moderne Süßwasser-Kreislaufanlagen zur Fischhaltung und Fischzucht. Darüber hinaus enthält das Gebäude weitere Aquarien- und Messräume sowie einen Kursraum. Der Bau mit einer Hauptnutzfläche von 1.030 Quadratmetern ersetzte 2004 die alte Aquarienhalle. Die Kosten wurden vom Land Berlin, dem Bund sowie der Europäische Union (aus Mitteln des Europäischen Fonds für Regionale Entwicklung EFRE) finanziert.

In den großen Becken schwimmen unter anderem die mittlerweile mehr als 1,50 Meter langen Störe. Der Europäische Stör (Acipenser sturio), der auch in Deutschland wieder eingebürgert werden soll, ist in Europa nahezu ausgestorben. Die knapp zwei Dutzend Exemplare am IGB stammen aus dem Fluss Gironde in Frankreich. Ihre Nachkommen sollen zukünftig wieder die Zuflüsse zur Nordsee  bevölkern; Atlantische Störe (Acipenser oxyrinchus) werden in die Oder eingesetzt und sollen dann in der Ostsee heimisch werden. Mehr zur Wiederansiedlung des Störs auf der Webseite von Jörn Geßner. Außerdem laufen in der Aquarienhalle Experimente zum Fischverhalten (siehe Webseite von Jens Krause) sowie Versuche zur nachhaltigen Aquakultur (Aquaponik ASTAF-PRO). Wissenschaftler des Projektes ADAPT-Fish nutzen die Infrastruktur in der Aquarienhalle, um die Anpassungsprozesse von Fischen auf einen Nutzungsdruck von Freizeitfischern zu erforschen.