Blitzlicht
Nadja Neumann

Nutzung von Metagenom-Daten zur Langzeitentwicklung von Seen

Einladung zur Kooperation
Die Forschungsgruppe Aquatische Mikrobielle Ökologie von Hans-Peter Grossart mit Jason Woodhouse hat kürzlich ein groß angelegtes Metagenom-Sequenzierungsprojekt zum Seen-Monitoring abgeschlossen. Ein Kernteam von Wissenschaftler*innen des IGB und der TU-München ist derzeit dabei, den großen Datensatz qualitativ zu überprüfen und auszuwerten – die Forschenden können dessen Potenzial alleine aber nicht voll ausschöpfen. Daher sucht das Team Forschende, um die Langzeitdaten zu Veränderungen der Gewässer und ihrer Organismen optimal zu nutzen. Das IGB freut sich auf Ihre Vorschläge für eine Zusammenarbeit. Leiten Sie diesen Aufruf auch gerne in Ihren Netzwerken weiter!

Probenahme an der Großen Fuchskuhle, einem Moorsee in Brandenburg. | Foto: Martina Bauchrowitz, IGB

Langzeitdaten zur Limnologie und Biologie

Von 2003 bis 2020 wurden vier Süßwasserseen im Nordosten Deutschlands monatlich beprobt. Die Proben für die DNA-Analysen wurden in partikelassoziierte (> 5,0 um) und freilebende (0,22 um) Fraktionen getrennt. Bei jeder Beprobung wurden Sondenprofile für die wichtigsten limnologischen Parameter (Temperatur, pH, Sauerstoff, Leitfähigkeit und Chlorophyll) zusammen mit Primär- und bakterieller Sekundärproduktion im Epilimnion gemessen.

Jeder der vier Seen ist anders: Der Stechlinsee, von dem epilimnische und hypolimnische Proben zur Verfügung stehen, ist in den letzten 20 Jahren zunehmend eutrophiert. Der Breite Luzin ist ein mesotropher See mit saisonalen Algenblüten. Der Tiefwarensee wurde in vor etwa 20 Jahren restauriert und ist nach wie vor mesotroph. Die Große Fuchskuhle ist ein Moorsee, der in den frühen 1990er Jahren in vier verschiedene Becken aufgeteilt wurde. Ein starker und zeitlich variabler Eintrag von gelöstem organischen Material (Huminstoffe) aus dem angrenzenden Moor hat zu einem starken Gradienten des pH-Werts und des gelösten organischen Materials zwischen den Becken geführt. Es sind Proben aus zwei unterschiedlichen Becken (NO und SW) verfügbar.

Metagenomdaten

Für jede Probe liegen 40-50M 150 bp PE Reads mit 85% der Reads > Q30 vor. Das IGB-Team kann Folgendes bereitstellen: Rohdaten-Dateien, Metagenom-Assemblies, MAGs für Prokaryoten und Eukaryoten (in Vorbereitung).

Mögliche Zusammenarbeit

  • Sie möchten eine bestimmte Hypothese mithilfe von Metagenomdaten aus den letzten zwei Jahrzehnten überprüfen?
  • Sie haben ein Analyse-Werkzeug entwickelt und benötigen einen hochwertigen Langzeitdatensatz, um Ihre Anwendung zu testen?
  • Sie arbeiten an aquatischen Gemeinschaften und benötigen Daten zum Testen und Validieren?

Wir freuen uns auf Ihre Anfrage!

Bitte senden Sie uns Ihre Vorschläge als 1- bis 2-seitige Zusammenfassung des Vorhabens und unter Angabe der Daten, die Sie benötigen. Wir geben unser Bestes, diese Vorschläge schnell zu bearbeiten und ein Kooperationsprojekt zu entwerfen. Unser Ziel ist es, kleine Teams zu bestimmten Themen bilden zu können.

Ansprechpersonen

Jason Woodhouse

Postdoktorand*in
Forschungsgruppe
Aquatische mikrobielle Ökologie

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