Eine Studie zur physikalischen Beschaffenheit des nördlichen Aralsees zeigt eine kontinuierliche Durchmischung der Wasserschichten, welche die oberen Schichten mit Nährstoffen und den Gewässergrund mit Sauerstoff versorgt. Doch schon kleine Veränderungen des Wasserstandes oder der Wassertransparenz, zum Beispiel durch Algen, können den See aus dem Gleichgewicht bringen.