AQUACROSS hat das Ziel, Fortschritte in der Umsetzung einer ökosystembasierten Bewirtschaftung von aquatischen Ökosystemen zu erreichen. Damit soll ein Beitrag zur Umsetzung der Ziele der EU-Biodiversitätsstrategie für 2020 sowie anderer internationaler Schutzstrategien geleistet werden. Konkret bedeutet das, dass im Rahmen von AQUACROSS eine Bewertungsstrategie entwickelt und erprobt wird, die das gesamte Spektrum von Interaktionen in aquatischen Ökosystemen, einschließlich der Wechselwirkungen mit menschlichen Aktivitäten, abdeckt.